C'est à la fin du 19e siècle que la France, puissance colonisatrice, qui administrait les territoires de l'ex Afrique Equatoriale Française (AEF), scindés aujourd'hui en quatre Républiques (Congo, Gabon, Centrafrique, Tchad) avait conçu la nécessité de disposer d'une liaison, en rive droite du fleuve Congo, entre la mer et le bassin navigable de ce fleuve, concurrente du chemin de fer Léopoldville-Matadi.
Le 2 juillet 1921, cinq mois après le lancement des travaux de construction du chemin de fer Congo océan (CFCO), le Gouverneur Victor Augagneur choisit Pointe-Noire comme site du prochain port à bâtir, après de nombreu¬ses études controversées : baies de Pointe¬-Noire et de Loango, embouchure du Kouilou, rade de CONKOUATI, etc.
Le 11 juillet 1934, au lendemain de l'inaugu¬ration officielle du chemin de fer, le Gouverneur Général ANTONETTI posa la première pierre du Port.
Le nom de Pointe-Noire vient du mot portu¬gais "Punta Negra". C'est ainsi que les Portugais baptisèrent au XVème siècle l'éperon rocheux qui prédomine au large des côtes de Loango et dont la couleur est due à la présence des grés bitumineux.
Le Port fut ouvert au trafic le 1er Avril 1939, avec la mise en service d'un tronçon de quai en eau profonde de 200 m. Le lendemain, le premier paquebot "le Foucault" accostait et ce fut l’inauguration officielle, en présence du Gouverneur Général Joseph RESTE.
Rattaché d’abord au Chemin de fer, ensuite à l’Agence Transéquatoriale des communications (ATEC- Organisme Inter-états), et après à l’Agence Transcongolaise des Communication (ATC), cette structure est devenue Port Autonome de Pointe-Noire par ordonnance n° 01/2000 du 16 février 2000, suite à la scission-dissolution de l’ATC.

Le lancement des opérations de patrouilles pour le suivi, le contrôle et la surveillance des activités de pêche dans les eaux sous juridiction congolaises a eu lieu le 09 septembre 2022 dans le cadre d’un partenariat entre le ministère de la Défense et le ministère de l’Agriculture, de l’élevage et de la Pêche au Congo.

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